Di program studi S2 Teknik Pengairan, mahasiswa disediakan fasilitas pendukung kegiatan perkuliahan seperti fasilitas internet nirkabel (wi-fi) yang tersedia diseluruh area perkuliahan, ruang baca dengan ribuan koleksi buku, dan enam laboratorium pembelajaran.

Ruang kelas Program Studi S-2 Jurusan Teknik Pengairan bertempat di Gedung Baru Teknik lantai 1 yang dilengkapi dengan 5 ruang kelas dengan fasilitas lengkap untuk media pembelajaran seperti LCD, OHP, Sound System untuk kebutuhan seminar dan pendingin ruangan.